Add k8s and k8s_gpu profiles for WES execution
WES runs Nextflow with -profile k8s_gpu for GPU workloads. Profiles configure K8s executor, GPU node selector, and eureka-pvc storage claim for data access. Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
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docker {
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enabled = true
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temp = 'auto'
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}
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aws {
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aws {
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client {
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client {
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endpoint = 'https://s3.cluster.omic.ai'
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endpoint = 'https://s3.cluster.omic.ai'
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s3PathStyleAccess = true
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s3PathStyleAccess = true
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}
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}
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}
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}
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profiles {
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standard {
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docker {
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enabled = true
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temp = 'auto'
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}
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}
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k8s {
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process {
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executor = 'k8s'
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}
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docker {
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enabled = true
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}
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k8s {
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storageClaimName = 'eureka-pvc'
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storageMountPath = '/omic/eureka'
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namespace = 'nextflow'
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serviceAccount = 'nextflow'
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}
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}
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k8s_gpu {
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process {
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executor = 'k8s'
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pod = [[nodeSelector: 'nvidia.com/gpu.present=true']]
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accelerator = [request: 1, type: 'nvidia.com/gpu']
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}
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docker {
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enabled = true
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}
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k8s {
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storageClaimName = 'eureka-pvc'
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storageMountPath = '/omic/eureka'
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namespace = 'nextflow'
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serviceAccount = 'nextflow'
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}
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}
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}
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